Paquímetro virtual

Os paquímetros analógicos são baratos e se usados corretamente, podem fornecer valores robustos de medições. No entanto, sempre pratique antes de realizar suas medições para verificar a acurácia e precisão das medições.

Se for medir junto com outras pessoas, realize uma calibração da técnica antes, medindo os mesmos objetos, para verificar se as medições são iguais. Diferentes pessoas podem obter medições diferentes devido a diferenças na maneira de manejar o instrumento.

Se precisar realizar muitas medições rapidamente, é recomendado o uso de um paquímetro digital que facilita a leitura rápida da medição.

Agradeço o Ismael Sander (Ciências Biológicas 2012, Bragança) por ter chamado minha atenção para a página do Prof. Eduardo J. Stefanelli , na qual há diversas informações/demonstrações/simulações de instrumentos de medição, incluindo o paquímetro analógico (link abaixo). Vale a pena conferir.

Colin

paquímetro - Stefanelli
Paquímetro virtual em milímetro com resolução 0,05mm – simulador

Mapas com GMT

Criar mapas para aulas e publicações muitas vezes tem sido uma tarefa difícil e com resultados menos que desejáveis. O suite de software Generic Mapping Tools (GMT) é uma ferramenta útil para criar mapas altamente personalizados. GMT é disponível para Linux e outros sistemas operacionais, incluindo Windows (é preciso instalar Cygwin antes).

A melhor maneira de criar sua mapas é através de um script que é rodada na linha de comando e mostra o mapa no final. Veja um exemplo de um script para criar um mapa de parte da Costa Norte brasileira. Veja o resultado aqui.

Colin

#!/bin/sh
# Name:        Costa Norte
# Purpose:    Make a basemap of part of the Costa Norte with zoom to NE Pará State
# GMT progs:    pscoast psxy pstext

#designate filename
ps=costa_norte.ps

#make basemap
GMT pscoast -R-51/-44/-3.5/2 -Jm16h -B2wEsN -K -N2pen2/black/-.-. -Di -G160/210/150 -S170/170/180 \
-L-47.7/-3.0/0/200k -T-47.7/-2.5/1 -W0.25p > $ps

#insert data points (e.g. prop to pop. size)
GMT psxy -R -J -O -K -Sci -Gblack -W0.5p  <<END>> $ps
#lon lat variable x variable y etc…
-47.84 -0.73 0.10 #Curuça
-47.35 -0.63 0.10 #Salinas
-47.18 -0.77 0.10 #São João de Pirabas
-46.73 -0.78 0.10 #Canela
-46.76 -1.03 0.10 #Bragança
-48.47 -1.46 0.15 #Belém
END

#insert text
GMT pstext -R -J -B -O -Gblack <<END>> $ps
#lon      lat    size    angle   font    justify text
-50.95   0.70   30      45      1       LM      Amapá
-50.20  -2.60   30      45      1       LM      Pará
-48.10  -1.10   18     -15      1       LM      Mangrove macrotidal region
-47.84  -0.52   10      45      1       LM      Curuça
-47.35     -0.56   10      45      1       LM     Salinas
-47.18  -0.62   10      45      1       LM      São João de Pirabas
-46.73  -0.70     10      45      1       LM      Canela Island
-46.55  -0.80   10      45      1       LM      Bragança
-48.40  -1.38   10      0       1       LM      Belém
-46.10  -3.30   30      45      1       LM      Maranhão
END

#render plot
gv –noantialias $ps

Nova versão preliminar de Bioestatística usando R

São cerca de 7 anos desde que Bioestatística usando R foi lançado no CRAN. Neste intervalo, surgiu novos livros de Bioestatística em português do Brasil, o mais recente em janeiro 2011. Estou tentando incorporar exemplos destes no Bioestatística usando R. No entanto, por não ter muito tempo para dedicar a esta tarefa, está ainda longe de ser finalizada.

Devido ao longo intervalo desde a primeira edição, apresento aqui uma nova versão muita preliminar de Bioestatística usando R. Espero que esta vai trazer algumas novidades e ajudar popularizar o uso de R. Certamente haverá erros  ortográficos e talvez até alguns no código. Entre em contato comigo para indicar estes erros e  para dar suas sugestões e/ou comentários.

Agradeço todos as pessoas que usaram, comentaram sobre ou deram sugestões e críticas sobre, a primeira versão de Bioestatística usando R. Agradeço também as turmas de Biologia do Campus de Bragança que cursaram Bioestatística comigo e que,  sabendo ou não, testaram muito deste código na sala de aula.

Bioestatística usando R

Logo que finalizo esta versão, submeterei ao CRAN junto com os fontes.

Colin

LaTeX 2 OpenOffice.org (odt)

Para produzir documentos acadêmicos bem formatados, a escolha do software deve ser \LaTeX, especialmente considerando a integração deste com o GNU-R na forma de Sweave para análise estatística. No entanto, revistas da área de ciências biológicas têm tradição de aceitar arquivos .doc e muitas ainda preferem arquivos .doc. No entanto, um número crescente aceitam .tex e também .odt . Portanto, exportar \LaTeX para o XML do OpenOffice.org pode ser útil e é possível via tex4ht!

Basta instalar os pacotes tex4ht e dvipng da sua distribuição Linux. Pacotes equivalentes devem ser disponíveis via MikTeX para Windows.

Após instalação no Debian Linux, no meu caso, execute o seguinte comando dentro da pasta onde está o seu arquivo.tex que você quer converter para .odt.

/usr/share/tex4ht/oolatex arquivo.tex

e depois de alguns momentos vai ver entre vários arquivos diferentes na pasta, o arquivo.odt. Abre este com OpenOffice.org e pronto! OK, o documento .odt não é tão bonito quanto ao resultado compilado (.ps/.pdf) do .tex, mas é aceitável e precisa de pouca formatação extra para apresentação.

Veja este exemplo (uma prova de estatística da graduação) que eu converti de prova.tex (código no final do post) para prova.odt.

A função principal do tex4ht é exportar .tex para .html e .xml, então, seria interessante ver se apresentações Beamer também podem ser convertidas para documentos da Web.

Acho que para submissão de manuscritos científicos, um sistema simples com a mínima de formatação é o melhor. Assim cientistas podem concentrar em escrever e deixar a formatação para a equipe da editora da revista. Veja aqui para um artigo e comentários sobre o assunto.

Colin

Código do arquivo prova.tex

\documentclass[a4paper,12pt]{article}
\usepackage[brazil]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[nogin]{Sweave}
\usepackage{dcolumn}
\newcolumntype{d}{D{,}{,}{5}}
\usepackage[top=1cm, bottom=1.5cm, left=1cm, right=1cm]{geometry}
\usepackage[labelsep=period, position=top]{caption}

\begin{document}
\begin{center} \begin{large} Universidade Federal do Pará, Campus de Bragança,\\Instituto de Estudos Costeiros, Faculdade de Ciências Biológicas\end{large}\\ \bigskip
\textbf{Bioestatística I Prova Geral}\\\medskip
Prof. Dr. Colin Robert Beasley\\\medskip
Responda a todas as 10 (dez) questões. Cada questão vale um ponto.\\ Use pelo menos quatro casas em todos os cálculos, arrendonde somente no final.\\Demonstre cálculos onde necessário.\\
\end{center}
Nome: \hspace{7cm} Matrícula:

\begin{enumerate}
\item Explique independência entre observações de uma amostra. Porque observações devem ser independentes?
\vspace{1cm}

\item Construe uma tabela de frequências a partir destes dados de medições de comprimento (mm) de $n$=40 peixes:
\begin{Schunk}
\begin{Soutput}
[1] 21 22 22 22 22 23 23 24 24 24 24 24 24 24 25 25 25 25 25 25 26 26
[23] 26 26 26 26 26 27 27 27 27 28 28 28 28 29 29 29 30 30
\end{Soutput}
\end{Schunk}
\begin{small}Ignore valores entre [ ], os quais apenas indicam a posição da primeira observação em cada fileira.\end{small}

\vspace{5cm}

\item Represente os dados a seguir (Tabela \ref{tab:xsnails}) usando um gráfico apropriado com os eixos etiquetados. Justifique a sua escolha de gráfico.
% latex table generated in R 2.12.1 by xtable 1.5-6 package
% Wed Mar 23 17:04:22 2011
\begin{table}[ht]
\begin{center}
\caption{Número de espécies de caracóis marinhos em quatro diferentes municípios costeiros paraenses.}
\label{tab:xsnails}
\begin{tabular}{lc}
\hline
Município & Número de espécies \\
\hline
Pirabas & 19 \\
Quatipuru & 17 \\
Tracuateua & 19 \\
Bragança & 22 \\
\hline
\end{tabular}
\end{center}
\end{table}

\item Calcule as estatísticas $\bar{x}$, $s$, $s^2$ e a soma de quadrados dos dados da Questão 2. \\
\vspace{1cm}

\item Classifique as seguintes probabilidades como provável, improvável, muito improvável ou extremamente improvável: \hspace{0.5cm} P=0,0049 \hspace{0.5cm} P=0,036 \hspace{0.5cm} P=0,49 \hspace{0.5cm} P=0,0005 \\
\begin{flushright}\textit{…vide verso}\end{flushright}
\newpage

\item Durante um levantamento em uma área de mangue, foram encontrados 36 árvores de \textit{Rhizophora mangle}, 24 de \textit{Avicennia germinans}, 6 de \textit{Avicennia schaueriana} e 8 de \textit{Laguncularia racemosa}. Crie uma tabela de abundância proporcional (relativa) das espécies.
\vspace{4cm}
\item Lista quatro propriedades da curva normal. \\
\vspace{4cm}

\item O número de ninfas de Ephemeroptera foi contado em 12 redes de mão aquáticas tiradas aleatóriamente de vegetação submersa em um trecho de riacho: 13, 1, 0, 2, 67, 23, 10, 3, 0, 0, 15, 19. Qual é a melhor transformação para estes dados? Justfique sua resposta e realize a transformação.
\vspace{4cm}

\item Em uma amostra de $n$=24 caranguejos machos medidos para comprimento (mm), $\bar{x}$ é 15,4 mm e $s$ é 1,14 mm. A carapaça da população de fêmeas é maior. É provável que uma carapaça encontrada na estrada e medindo 16,2 mm pertencia a um caranguejo macho? Dica: $t$ crítico unicaudal com $\nu=23$ é 1,714 e 2,500 para P=0,05 e P=0,01, respectivamente.\vspace{0.5cm} \\
\vspace{4cm}

\item Qual é a diferença principal entre a amostra e a população. \\
\end{enumerate}

\end{document}

Livro sobre estatística em ecologia

A versão em português do Brasil do livro de estatística dos autores NJ Gottelli & AM Ellison parece muito promissora. Trata-se de uma abordagem prática e moderna da estatística aplicada a ecologia. A cobertura de probabilidade e delineamento experimental/desenho amostral é particularmente recomendada. Já inclui este livro no pedido de 2011 para a biblioteca do Campus de Bragança.

English version

The Brazilian Portuguese version of NJ Gottelli & AM Ellison’s statistics book appears very promising. It has a practical and modern approach to ecological statistics. Its coverage of probability and experimental design/ sampling strategy is particularly recommended. I’ve already included this book in the 2011 library request (Campus de Bragança).

Gottelli NJ & Ellison AM 2011 Princípios de estatística em ecologia Artmed

Colin

Gerenciamento de referências com JabRef::Reference management with JabRef

A vantagem de usar um gerenciador de referências está na facilidade de compilar e formatar bibliografias para diversos tipos de documentos. Um aluno que termina uma monografia, dissertação ou tese pode rapidamente recompilar e formatar referências selecionadas para um artigo derivado do seu trabalho acadêmico. Há também a vantagem de poder compartilhar bibliografias, útil para grupos de trabalho que usam bibliografias similares.

O JabRef é um gerenciador de referências open-source muito flexível e altamente configurável que roda sob a Java. Características incluem:

  • Um editor BibTeX avançado
  • Funções de busca
  • Agrupamento de entradas
  • Importação de diversos formatos (p. ex. BibTeXML, CSA, Refer/Endnote, ISI Web of Science, SilverPlatter, Medline/Pubmed (xml), Scifinder, OVID, INSPEC, Biblioscape, Sixpack, JStor and RIS)
  • Exportação de diversos formatos pré-instalados e personalizados (HTML, Docbook, BibTeXML, MODS, RTF, Refer/Endnote and OpenOffice.org)
  • Altamente personalizável
  • Gerenciamento de bibliotecas de PDFs
  • Suporte para Metadados XMP em PDFs
  • Interação com bancos de dados na Web (Medline, Citeseer, IEEEXplore and arXiv)
  • Extensão da sua funcionalidade através de plugins (p. ex. um plugin para citar e compilar bibliografias personalizadas no OpenOffice.org)

No Laboratório de Moluscos, usamos JabRef com LaTeX e o pacote abnTeX que formata a bibliografia de acordo com as normas brasileiras vigentes (ABNT NBR 6023:2002). Estamos experimentando com o JabRef e o OpenOffice.org, no entanto estamos ainda aperfeiçoando o arquivo jstyle de estilo para as normas brasileiras, mas deveria estar pronto logo!!

English version

The advantage of using a reference manager lies in the ease with which one can compile and format reference lists for diverse types of documents. A student finishing a monograph, dissertation or thesis can rapidly recompile and format selected references for an article derived from their academic study. There is also the advantage of being able to share reference lists, useful for work-groups that use similar bibliographies.

JabRef is an open-source reference manager that is very flexible and highly configurable and that runs under Java. Features include:

  • Advanced BibTeX editor
  • Search functions
  • Classification of entries
  • Import of various formats (BibTeXML, CSA, Refer/Endnote, ISI Web of Science, SilverPlatter, Medline/Pubmed (xml), Scifinder, OVID, INSPEC, Biblioscape, Sixpack, JStor and RIS)
  • Built-in and custom export formats (HTML, Docbook, BibTeXML, MODS, RTF, Refer/Endnote and OpenOffice.org)
  • Highly configurable
  • Manages PDF libraries
  • Support for XMP Metadata in PDFs
  • Interaction with databases on the Web (Medline, Citeseer, IEEEXplore and arXiv)
  • Plugin functionality (e.g. a plugin to cite and compile custom bibliographies in OpenOffice.org)

At the Laboratório de Moluscos, we use JabRef with LaTeX and the package abnTeX that formats bibliographies according to Brazilian standards (ABNT NBR 6023:2002). We are experimenting with JabRef and OpenOffice.org. We’re still perfecting the Brazilian standards jstyle file, but it should be ready shortly!!

Arquivo jstyle das normas brasileiras do plugin OpenOffice.org para JabRef

The Brazilian standards jstye file for the OpenOffice.org plugin for JabRef

NAME
Exemplo PRELIMINAR de formatação ABNT (Associação Brasileira de Normas Técnicas) para o plugin do JabRef-oo.

JOURNALS
TCC/Dissertação/Tese do IECOS

PROPERTIES
Title=REFERÊNCIAS
IsSortByPosition=false
IsNumberEntries=false
ReferenceParagraphFormat=REFERENCIAS
ReferenceHeaderParagraphFormat=cabecalhoREFERENCIAS

CITATION
AuthorField=author/editor
YearField=year
MaxAuthors=3
MaxAuthorsFirst=3
AuthorSeparator=;
AuthorLastSeparator=;
AuthorLastSeparatorInText=;
EtAlString= et al.
YearSeparator=,
InTextYearSeparator=
BracketBefore= (
BracketAfter=)
BracketBeforeInList=(
BracketAfterInList=)
CitationSeparator=;
UniquefierSeparator=,
GroupedNumbersSeparator=-
MinimumGroupingCount=3
FormatCitations=false
ItalicCitations=false
BoldCitations=false
SuperscriptCitations=false
SubscriptCitations=false
MultiCiteChronological=true

LAYOUT
article=<smallcaps>\format[AuthorLastFirst,AuthorAbbreviator,AuthorAndsReplacer,Replace( \&,;)]{\author}</smallcaps> \format{\title}. <b>\journal</b> v. \volume, \begin{number}n. \format{\number}, \end{number}\begin{pages}p. \format[FormatPagesForHTML]{\pages}\end{pages}. \year\uniq.

book=<smallcaps>\format[AuthorLastFirst,AuthorAbbreviator,AuthorAndsReplacer,Replace( \&,;)]{\author}</smallcaps> <b>\format{\title}</b>. \begin{edition}\format{\edition}.ed. \end{edition}\address: \publisher, \year\uniq.

inbook=<smallcaps>\format[AuthorLastFirst,AuthorAbbreviator,AuthorAndsReplacer,Replace( \&,;)]{\author}</smallcaps> <b>\chapter</b>. In: <smallcaps>\format[AuthorLastFirst,AuthorAbbreviator,AuthorAndsReplacer,Replace( \&,;)]{\editor}</smallcaps> (\editortype). <b>\format{\title}</b>.\begin{edition} \format{\edition}.ed.\end{edition} \address: \publisher, \year\uniq. Cap. \chapter,\begin{pages}p. \format[FormatPagesForHTML]{\pages}\end{pages}.

incollection=<smallcaps>\format[AuthorLastFirst,AuthorAbbreviator,AuthorAndsReplacer,Replace( \&,;)]{\author}</smallcaps> \format{\title}. In: <smallcaps>\format[AuthorLastFirst,AuthorAbbreviator,AuthorAndsReplacer,Replace( \&,;)]{\editor}</smallcaps> (\editortype). <b>\format{\booktitle}</b>,\begin{edition} \format{\edition}.ed.\end{edition} \address: \publisher, \year\uniq. \begin{pages}p. \format[FormatPagesForHTML]{\pages}\end{pages}.

manual=<smallcaps>\format[AuthorLastFirst,AuthorAbbreviator,AuthorAndsReplacer,Replace( \&,;)]{\author}</smallcaps> <b>\format{\title}</b>. \begin{organization}\format{\organization}\end{organization}, \address, \year\uniq.

misc=<smallcaps>\format[AuthorLastFirst,AuthorAbbreviator,AuthorAndsReplacer,Replace( \&,;)]{\author}</smallcaps> <b>\format{\title}</b>. Disponível em: <\url>. Acesso em: \urlaccessdate.

techreport=<smallcaps>\format[AuthorLastFirst,AuthorAbbreviator,AuthorAndsReplacer,Replace( \&,;)]{\author}</smallcaps> <b>\format{\title}</b>. \begin{pages}\format[FormatPagesForHTML]{\pages}\end{pages} f. \year\uniq.

thesis=<smallcaps>\format[AuthorLastFirst,AuthorAbbreviator,AuthorAndsReplacer,Replace( \&,;)]{\author}</smallcaps> <b>\format{\title}</b>. \pages f. \type – \school, \year\uniq.

GNU-R & OpenOffice.org: odfWeave

É possível usar documentos no Open Document Format (ODF) com odfWeave, que integra código R com o formato XML do ODF. Há mais detalhes no arquivo de entrada e você deveria ler o manual e documentação tanto de Sweave quanto de odfWeave.

Para poder usar odfWeave, deveria ter OpenOffice.org e GNU-R instalados, bem como os pacotes do GNU-R odfWeave (claro!), XML e lattice. Deveria ter os programas zip e unzip instalados no seu sistema. Em Windows, pode ser WinZip ou InfoZip, mas recomendo 7-Zip. Não tenho experimentado odfWeave em Windows. Se funcionar, deixe um comentário. Não esquece de configurar as aspas em Ferramentas, Opções de Auto-correção, Aspas personalizadas antes de rodar odfWeave (veja arquivo de entrada para detalhes).

Estou incluindo o arquivo de entrada “meu_primeiro_odfweaveentrada.odf” que deve ser processado no R a seguir:

library(odfWeave)

odfWeave(“meu_primeiro_odfweaveentrada.odt”, “meu_primeiro_odfweavesaida.odt”)

Se tudo der certo, deve ver um arquivo novo com o segundo nome acima no diretório de trabalho. Abre este arquivo em OpenOffice.org ou outro processador de texto que use ODF. Deveria ver os resultados, gráfico e tabela resultando dos comandos R. Se o arquivo não abre imediatamente e aparece um diálogo dizendo que está corrompido, simplesmente diz “Sim” à oferta de reparar o arquivo.

Boa sorte!

Colin

Open Access media : mídia Acesso Livre

See English version below

Cleidson Paiva Gomes nós adverte para a possibilidade do site Domínio Público que contem mídia de acesso livre e é do governo brasileiro, fechar devido à falta de uso. Dê uma olhada, há muito lá que pode ser de interesse (em várias línguas), inclusive textos, músicas, mapas, etc. Pode buscar trabalhos de acesso livre pelo autor, título, língua, etc.

Há outros sites tais como o Gutenberg, o Flickr e o Creative Commons que têm propósitos parecidos e fornecem textos, fotos e todos os mídias, respectivamente. Nestes três últimos, verifique se o material está realmente sob domínio público para seu país.

Cleidson Paiva Gomes warns us that the site Domínio Público, which contains open access media and is run by the Brazilian government,  may close due to lack of use. Have a look, there is a lot there that may be of interest (in several languages), including texts, music, maps, etc. You may search for open access works by author, title, language, etc.

There are other sites such as Gutenberg, Flickr and Creative Commons that have similar objectives and provide texts, photos and all types of media, respectively. In the case of the last three, check that the material is really under public domain in your country.

Regressão : Regression

Para aprender como realizar regressão simples linear em R, basta rodar o script abaixo em Sweave e depois compilar o arquivo TeX usando \LaTeX

Para quem não quer usar Sweave, os comandos podem ser vistos aqui.

To learn how to carry out simple linear regression in R, all you need to do is run the script below in Sweave and afterwards compile the resulting TeX file using \LaTeX

If you don’t want to use Sweave, the commands can be found here.

Added English comments this weekend!!!!

Colin

\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[brazilian,english]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{amsthm,amsfonts,bm}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{ae}
\usepackage{times}
\usepackage{a4wide}

\title{Regressão Linear Simples}
\author{Prof. Dr. Colin Robert Beasley}

%Queremos ver os comandos
\SweaveOpts{echo=TRUE}

\begin{document}

\maketitle

\begin{flushleft}
Este exemplo envolve um experimento agrícolo em que fertilizante (g) é acrescida a áreas de grama e a resposta, a colheita de grama (g), é medida depois de um tempo. É tirado de Fowler, Cohen \& Jarvis (1998).\linebreak
This example involves an agricultural experiment in which fertilizer (g) is added to areas of grass and the response, the grass harvest (g), is measured after some time. It was taken from Fowler, Cohen \& Jarvis (1998).\linebreak
As observações das variáveis independente ($x$) e dependente ($y$ ou a resposta), respectivamente.\linebreak
The independent ($x$) and dependent ($y$ or response) variables, respectively.
<<echo=TRUE, print=FALSE>>=
x<-seq(25, 250, 25)
y<-c(84, 80, 90, 154, 148, 169, 206, 244, 212, 248)
@
A regressão linear simples de $y$ sobre $x$.\linebreak
Simple linear regression of $y$ on $x$.
<<echo=TRUE, print=FALSE>>=
xy.lm<-lm(y~x)
pred.frame<-data.frame(x)
@
Criar intervalos para a previsão de valores de $y$ e um intervalo de confiança 95\%.\linebreak
Create intervals for the prediction of values of $y$ and a 95\% confidence interval.
<<echo=TRUE, print=FALSE>>=
pp<-predict(xy.lm, newdata=pred.frame, interval=”pred”)
pc<-predict(xy.lm, newdata=pred.frame, interval=”conf”)
@
Ver um resumo do modelo linear, incluindo sua significância, testada pela ANOVA.\linebreak
Obtain a summary of the linear model, including its significance, tested by ANOVA.
<<echo=TRUE, print=FALSE>>=
summary(xy.lm)
@
\newpage
Plotar as observações, a reta da regressão, a equação que descreve a reta e os intervalos de previsão e confiança (Figura \ref{fig:regressaofertilizante}).\linebreak
Plot the observations, the regression line, the equation that describes the line and the prediction and 95\% confidence intervals (Figure \ref{fig:regressaofertilizante}).
\begin{figure}[htp]
\begin{center}
<<fig=true>>=
plot(x,y, ylim=c(0,300), xlab=”Massa de fertilizante aplicada (g) “, ylab=”Colheita de grama (g)”, pch=16, cex=1.5, cex.lab=1.5, cex.axis=1.5)
abline(xy.lm)
matlines(pred.frame$x, pp, lty=c(1,2,2), col=c(1,2,2), lwd=1.5)
matlines(pred.frame$x, pc, lty=c(1,3,3), col=c(1,3,3), lwd=1.5)
text(90, 250, expression(y==51.93333 + 0.81139), cex=1.5)
@
\caption{As observações com a reta da regressão junto com os intervalos de previsão e confiança 95\%.}
\label{fig:regressaofertilizante}
\end{center}
\end{figure}
\newpage
Podemos ver o modelo linear de uma outra forma (Figura \ref{fig:residuaisfertilizante}). As diferenças entre a resposta ($y$) e o modelo (valores “fitted”) são maiores perto das extremidades da regressão. Isso concorda com os intervalos de previsão e confiança em Figura (\ref{fig:regressaofertilizante}).\linebreak
We can look at the linear model in another way (Figure \ref{fig:residuaisfertilizante}). The differences between the response ($y$) and the model (fitted values) are greater towards the extremities of the regression. This agrees with the prediction and 95\% confidence intervals in Figure \ref{fig:regressaofertilizante}.
\begin{figure}[htp]
\begin{center}
<<fig=true>>=
plot(x,y, xlab=”Massa de fertilizante aplicada (g)”, ylab=”Colheita de grama (g)”, pch=21, bg=2, cex=1.5, cex.axis=1.5, cex.lab=1.5, ylim=c(0,300))
segments(x,y,x,xy.lm$fitted, col=2, cex=1.5)
lines(x,xy.lm$fitted, type=”o”, pch=21, bg=3, cex=1.5)
@
\caption{As observações (valores de $y$ são pontos vermelhos) com os valores “fitted” (pontos verdes), junto com os residuais (linhas vermelhas verticais).}
\label{fig:residuaisfertilizante}
\end{center}
\end{figure}

Reference: Fowler J, Cohen L \& Jarvis P 1998 \textit{Practical statistics for field biology}. 2nd. ed. John Wiley \& Sons, Chichester.
\end{flushleft}
\end{document}

Sweave, LaTeX & Character Encoding

See version in English below

Um problema com relatórios Sweave & LaTeX surgiu no laboratório recentemente depois de um upgrade do Debian Etch para Lenny. O Sweave produzia o arquivo TeX sem problema. Entretanto, o arquivo TeX não compilava.  Parecia que o LaTex falhava devido à presença de acentos. Investiguei a causa e suspeitava que tinha a ver com a codificação de caracteres. Nosso sistema operacional Debian Lenny use a codificação UTF-8 que venha a ser muito popular no Linux e na Internet. O editor Texmaker pode ser configurado para usar UTF-8 explicitamente ou a codificação do Sistema. No caso estava no Sistema (UTF-8). No entanto, os arquivos tinham sido codificados para ISO 8859-1 (Latin-1/Windows-1252). No preâmbulo do arquivo TeX  a linha

\usepackage[latin1]{inputenc}

determina que a codificação ISO 8859-1 seja usado. Para quem use uma distribuição Linux recente, é possível que haverá erros de compilação com arquivos LaTeX criados sob um sistema operacional mais antigo.

Para resolver a problema, foi necessário realizar alguns procedimentos simples, a seguir:

Abrir o arquivo Rnw (a ser usado pela função Sweave no  R ) em um editor que permita salvar o arquivo especificando a codificação de caracteres. Nos usamos o leafpad. Pode usar o Texmaker e outros editores TeX contando que configure a codificação para UTF-8 antes de carregar o arquivo Rnw.

Edita a linha

\usepackage[latin1]{inputenc}

para ser

\usepackage[utf8]{inputenc}

Salve o arquivo com a codificação UTF-8. Se o arquivo fosse codificado para outro tipo, este será exibido no diálogo. Basta trocar para UTF-8.

Agora é só rodar o arquivo usando  Sweave no R e depois compilar o resultante arquivo TeX no LaTeX. Deveria compilar normalmente e o arquivo PDF ou PS ou DVI deverá aparecer com acentuação correta.

Se não compilar corretamente, é possível que ainda existem caracteres não-UTF-8 no texto. Não tenho certeza se esta é a razão do erro, mas no meu caso um dos arquivos tinha no \title acentos que pareciam continuar causar um erro no LaTeX. Eu os removi e salvei o arquivo com UTF-8 novamente. Rodei o arquivo Rnw sem acentos no Sweave e LaTeX e funcionou. Depois disso, abri o arquivo Rnw novamente,  coloquei novos acentos naquela linha, salvei o arquivo e rodei tudo de nova e funcionou perfeitamente depois de substituir estes acentos para novos.

Bem, o moral da história é tome cuidado quando salvando seu arquivo Rnw. Seu editor deveria estar configurado para exibir codificação UTF-8 e o arquivo deve ser salvo com esta codificação. A codificação do seu sistema operacional Linux também deve ser UTF-8.

Também muito cuidado na hora de cortar e colar de outros arquivos. É possível colar caracteres não-UTF-8 em um arquivo UTF-8 aberto para editação? Não sei, mas é bom tomar cuidado.

Apple Macintosh parece usar codificação UTF-8. Aparentamente , Windows Vista use o UTF-16 chamada de “Unicode” pelo Microsoft.

No entanto, versões anteriores de Windows podem estar ainda usando o defasado ISO 8859-1. Isso pode gerar um problema se trocar arquivos entre versões de Windows que não usem UTF-8 e distribuições de Linux/Windows/Mac que usem UTF-8. A melhor solução é seguir o procedimento acima.

Colin

Veja mais nestas páginas:

Wikipedia UTF-8 (em português)

Wikipedia ISO_8859-1 (em português)

Recodificando seus arquivos de ISO 8859-1 para UTF-8 e vice-versa

UTF-8 é o encoding mais utilizado no mundo na web, segundo o Google

Version in English

A problem with reports generated by Sweave & LaTeX arose recently in our lab after an upgrade from Debian Etch to Lenny. Sweave produced the TeX file without any problem. However, the TeX file did not compile properly. It seemed that LaTex failed due to the presence of accents. I investigated the cause and suspected that it might have something to do with character encoding. Our operating system Debian Lenny uses UTF-8 encoding that appears to getting more and more popular in Linux and on the Internet. The editor Texmaker can be configured to use UTF-8 explicitly or use the System encoding. In our case it was using the System  encoding (UTF-8). However, the files had been coded with ISO 8859-1 (Latin-1/Windows-1252). In the TeX file preamble the line

\usepackage[latin1]{inputenc}

determines that the ISO 8859-1 coding be used. If you use a recent Linux distribution, you may have errors compiling LaTeX files created in a older operating system.

To solve the problem, a few simple steps were taken, as follows:

Open the Rnw file (to be used by the function Sweave in  R ) in an editor that allows the file to be saved specifying the character encoding. We use leafpad. You may also use Texmaker or another TeX editor once you configure the encoding to UTF-8 before loading the Rnw file.

Edit the line

\usepackage[latin1]{inputenc}

to

\usepackage[utf8]{inputenc}

Save the file with UTF-8 encoding. If the file had been encoded with another type, this will be shown in the dialogue. Just change it to UTF-8.

Now just run the file using Sweave in R and afterwards compile the resulting TeX file in LaTeX. It should compile normally and the PDF or PS or DVI file should appear with normal accentuation.

If it does not, there may be non-UTF-8 characters in the text. I’m not certain about this but in one of my files a \title that had accents appeared to cause an error in LaTeX.  I removed the accents and saved the file with UTF-8 again. I ran the Rnw file with Sweave and LaTeX and it worked. Afterwards, I opened the Rnw file again typed new accents on that line, saved the file and ran everything once again and it worked perfectly after substituting the old accents with new ones.

Well, the moral of the story is be careful when saving your Rnw file. Your editor should be configured to show UTF-8 encoding and the file should be saved with this encoding. Your Linux operating system encoding should also be UTF-8.

Take care as well when you copy and paste from other files. Is it possible to paste non-UTF-8 characters into a UTF-8 file open for editing? I don’t know, but it’s a good idea to be careful.

Apple Macintosh seems to use UTF-8 encoding. Apparently , Windows Vista uses UTF-16 called “Unicode” by Microsoft.

However, older versions of Windows may still be using the outdated ISO 8859-1. This may generate problems if you swap files between versions of Windows that don’t use UTF-8 and Linux/Windows/Mac that do. The best solution is to follow the above procedure.

Colin

Find out more:

Wikipedia UTF-8 (in English)

Wikipedia ISO_8859-1 (in English)

Converting text files from ISO8859 to UTF-8

Character encoding